2012年9月30日是中秋節，當夜一輪明月高掛天空，萬里無雲，晚上準7時，南師大體覆蓋黃綾，由八位禮儀師護送，從寢室推出。後隨家眷、法師團、學生弟子，人人口念“南無本師釋迦牟尼佛”到荼毘塔前。
由文殊院宗性大和尚帶領十二位法師主持告別儀式。首先宣讀國務院總理溫家寶先生弔唁文，北京中央代表致詞，家屬南一鵬致詞，再由宗性大和尚領導誦《心經》七遍，到荼毘塔前，誦懷念詞、語，舉火入灶，白煙燃起，飛向南師臥室禪堂，眾多弟子跪拜送行。大約晚上8時，儀式結束，眾人留戀徘徊於供桌前及荼毘塔附近，約在9時多，因太湖大學堂治喪忙碌不留客人，所以兩百多位從各地趕來的弟子學生們，也紛紛踏著月光，懷著沉重心情離開，告別多年熱切前來“朝聖”的新中國文化傳播中心－－太湖大學堂。
很多人對南懷瑾老師一生的修行及宏揚佛、儒、道的功業有著許多好奇與敬佩。以他在禪密、醫學及武術方面的修學，長久以來均日食一餐，晚餐一小碗地瓜稀飯，但說話開示無間，動作靈敏，病痛不侵，幾達金剛不壞之身，何以在2012年8月間輕微感冒，竟演變成肺炎，而致在上海中山醫院核磁共振掃描（MRI）後，不語，手寫“明白”、“平凡”四字，盤腿竟自“入定”，十日後宣告仙逝，隨即火化荼毘。
