2012年9月30日是中秋節，當夜一輪明月高掛天空，萬里無雲，晚上準7時，南師大體覆蓋黃綾，由八位禮儀師護送，從寢室推出。後隨家眷、法師團、學生弟子，人人口念“南無本師釋迦牟尼佛”到荼毘塔前。
由文殊院宗性大和尚帶領十二位法師主持告別儀式。首先宣讀國務院總理溫家寶先生弔唁文，北京中央代表致詞，家屬南一鵬致詞，再由宗性大和尚領導誦《心經》七遍，到荼毘塔前，誦懷念詞、語，舉火入灶，白煙燃起，飛向南師臥室禪堂，眾多弟子跪拜送行。大約晚上8時，儀式結束，眾人留戀徘徊於供桌前及荼毘塔附近，約在9時多，因太湖大學堂治喪忙碌不留客人，所以兩百多位從各地趕來的弟子學生們，也紛紛踏著月光，懷著沉重心情離開，告別多年熱切前來“朝聖”的新中國文化傳播中心－－太湖大學堂。
很多人對南懷瑾老師一生的修行及宏揚佛、儒、道的功業有著許多好奇與敬佩。以他在禪密、醫學及武術方面的修學，長久以來均日食一餐，晚餐一小碗地瓜稀飯，但說話開示無間，動作靈敏，病痛不侵，幾達金剛不壞之身，何以在2012年8月間輕微感冒，竟演變成肺炎，而致在上海中山醫院核磁共振掃描（MRI）後，不語，手寫“明白”、“平凡”四字，盤腿竟自“入定”，十日後宣告仙逝，隨即火化荼毘。
首愚師父追思茶會說，記得6月份的時候, 南老師已派他的秘書馬宏達, 到台灣到處收集資料、墨寶等，已預知自己的後事並作妥善安排，南師最小的公子南國熙先生，於峨眉追思茶會向大家報告南師辭世前後的概況。
南國熙憶述老師今年過生日時曾說：淨念相繼，往生淨土；又在端午節時，很感慨地說，不曉得今年中秋人在那裡，彷彿已有所暗示。
南國熙是南懷瑾老師最小的兒子（南老師有4男2女），十三歲時就被送去美國給洋人當養子，進入美國西點軍校磨練，服完役後到台灣、香港從事金融管理工作。他們夫婦從8月起，幾乎都在吳江廟港太湖大學堂，他們夫婦用口說及播放錄影短片的方式，把懷師仙逝前的兩個月娓娓道來。
南老師在八月二十日左右選擇在大學堂的主樓二樓閉關，閉關時期，就連南老師的秘書馬宏達，劉雨虹老師都不敢打擾，直到老師圓寂，都是由宏忍師、永慧師……等護關，這段時間老師均無進食，因此老師又更瘦了一點。
南國熙和溫州的二哥小舜在沒有相約之下，於9月8日同時到了太湖看老師，南國熙的太太Jolene也帶了幾位香港瑜珈同學，到大學堂禪修一周。 9月9日南老師對他們說了一段話，結尾時說這可能是這生最後見面了。
9月14日，南老師示疾，因為痰引起不適，到了醫院，南老師沒有插任何管子，只是打了化痰化尿的點滴。老師第二天還跟大家開玩笑說, 他到上海來只是撒了這三泡尿。醫生建議老師做CT掃描，同學們亦同意。
9月17日，老師做了CT掃描，老師一向不喜歡做任何檢查，掃描完老師就不講話了，用寫的，醫生告訴老師他有肺炎，因為都沒有插管治療，一切就得靠自己了。老師寫下兩個字：明白。一會學生們來了，老師再寫下兩個字：平凡。
9日18日中午，老師就雙腿盤起入定了，表情就像老師有時在餐桌上入定的一樣，如莊子說的，如生如死，如死如生。
9月19日早上7：04，老師手指頭夾了心波測量器，一般人往生了是會慢慢停下的，但老師身旁的機器突然一下畫面黑了，整個關掉了，當時老師的眼神是平常入定的眼神，身體是坐姿的，同學們讓老師坐了六個小時；到下午一點，把老師抱回去大學堂主樓自己的房間，在室溫的狀況下，讓老師入定；期間學生們每天開會，非常盡心，宏忍師、馬宏達、小胡……他們安排了四層護關人，讓老師繼續閉關，一天四班，不准任何家人學生打擾老師。
9月25日晚上，Jolene 在房間一點多還沒睡，走來走去，她說聞到整個房間是檀香味，後來她五點半起來說，她夢到第七天有和尚會來。
9月26日下午，第七天，四川成都文殊院的方丈宗性法師不請自來並帶了十二位法師到太湖大學堂。
宗性法師才四十歲左右，他是中國佛學院的副院長。老師以前曾開玩笑說過，宗性法師是他以前維摩精舍的同學。宗性法師說，前夜他夢到南師和他坐在一起，對他笑笑，醒來後即知南老師有事發生，所以馬上搭飛機前來，而後宗性法師進到南師房間打坐了兩個小時，並跟我們說，一切會圓滿解決。學生們繼續開會到第九天，決定請香港兩位西醫同學過來，鑑定老師的狀況，兩位西醫第十天晚上到達。
9月29日早上，第十一天，我和小舜哥、宏忍師、兩位西醫同學，前前後後、上上下下地檢查一番，以西醫的角度看是沒有生命跡象，生命跡像一向要做腦波的，但學生們不願打擾老師，所以我們沒有做腦波，只檢查了三個死亡現象：呼吸、心跳、與瞳孔是否放大。檢查時老師已經沒有呼吸、心跳，這十一天老師眼睛已閉了，怎麼也開不了，用棉花棒、用手撐就是打不開。所以沒辦法證明瞳孔是否放大，這十一天室溫，老師沒有異味，皮膚沒有變色，只是更瘦了一點。
這種情況下兩位醫生鑑定老師已走了。學生們立刻開會，決定在第二天中秋節把老師荼毘。這段時間古道師在大學堂後面已蓋好了一座荼毘所。
9月30日中秋節的早上，謝福枝大哥選好早上4:30幫老師換衣服，我和小舜哥依古禮幫老師換了五套衣服，兩套褲子，老師身體還是很柔軟，沒有異味，沒有變色。我們跟老師說，既然昨天沒有讓兩位醫生看眼睛，是否可以讓家人看一眼，那時候老師眼睛張開15秒，我因為不是醫生，不太了解怎樣是瞳孔放大，15秒後就閉起來了。這時宏忍師他們也在場目睹這一幕，並不是我的想像。
廟港這個時候天氣是很熱，很多蚊子的。我們把老師從主樓推出去，旁邊站了兩排學生，首愚法師也在。當天晚上找不到一隻蚊子，荼毘開始後，飄出來的煙是白色的，沒有黑煙，煙往上升，進了三樓的禪堂。我們都非常感慨，很多錄影及拍照出來看到，空中很多蓮花。
荼毘燒了三天三夜，冷卻了二天二夜。早上四點半開荼毘爐塔，很驚訝的，裡面整個牆壁很乾淨，也燒得非常乾淨。老師的頭顱百分之九十完整，頭顱上多處呈金色，老師的舌根和舌頭都沒有燒壞，變成了透明的蓮花舌頭舍利，並揀集了五瓶彩色的舍利子上百顆。首愚法師和宗性法師說明，頭顱代表功德圓滿，舌頭舍利代表說法無誤，我們很感動地接受這種說法。
轉載自：十方禪林