道藏中的各種典籍，按三洞四輔十二類的分類方法編排。
「三洞」、「四輔」又合稱「七部」。
三洞：洞就是「通」的意思，表示誦習這些經書可以達到通於神明的境界
-
- 洞真部：即上清經，天寶君所出。
- 洞玄部：即靈寶經，靈寶君所出。
- 洞神部：包括《三皇文》和其他召鬼喚神的書籍，神寶君所出。
四輔：隨著經書的增加，通過三洞編目已經不能包納全部的經書，於是出現了四輔的分類法，也就是輔助、補充三洞的經書。
-
- 太玄部：輔助洞真，重玄為宗。據傳尹喜於函谷關遇老子，拜師求道，得道德、妙真、西昇等五卷。
- 太平部：輔助洞玄，三一為宗。據傳老君於蜀授干吉神書，至漢順帝時，宮崇獻其師干吉所得神書百七十卷，號《太平經》。
- 太清部：輔助洞神，太一為宗。據傳左慈於天柱山精思，而神人授之金丹仙經，左慈又將其傳付於葛玄。
- 正一部：貫穿各部。真一為宗，徧陳三乘。據傳太上降鶴嗚山，授張天師「三天正法」，正一盟威符籙一百二十階，及千二百官儀三百大章，法文祕要。
十二類：將三洞各細分為十二部，共 36 部。而四輔則不分部。
- 本文類：經書原文
- 神符類：各種符
- 玉訣類：對道經的註解和闡述
- 靈圖類：對經書原文的圖解以及以圖像為主的經書
- 譜錄類：記錄高真上聖事跡和功德的經書
- 戒律類：各種戒律、功過格
- 威儀類：齋醮科儀方面的經書
- 方法類：個人修煉以及設壇祭祀的方法
- 眾術類：煉丹術、五行變化、數術
- 記傳類：神仙傳記、碑銘、道觀等志書
- 讚頌類：頌唱神靈的經書、步虛詞、寶誥
- 章表類：祭祀時呈給天帝的青詞等